Nghị định gồm 5 Chương với 46 Điều quy định chi tiết một số điều, khoản và biện pháp thi hành trong đó có nội dung quy định về tổ chức, hoạt động thanh tra trong cơ quan cơ yếu Chính phủ. Đây là một nội dung đặc biệt quan trọng đối với Thanh tra Cơ yếu.

Nội dung quy định về tổ chức, hoạt động thanh tra trong cơ quan cơ yếu Chính phủ được quy định tại Mục 1, Chương II của Nghị định gồm 6 điều từ Điều 4 đến Điều 9. Trong đó quy định về: Vị trí, chức năng của Thanh tra Cơ yếu; Nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Cơ yếu; Nhiệm vụ, quyền hạn của Chánh Thanh tra Cơ yếu; Tổ chức, hoạt động của Thanh tra Cơ yếu; Thanh tra viên của Thanh tra Cơ yếu và thanh  tra lại Kết luận thanh tra của Thanh tra Cơ yếu.

Cụ thể, Nghị định quy định: Thanh tra Cơ yếu là cơ quan của Ban Cơ yếu Chính phủ, giúp Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý của Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ; thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng về mật mã để , , , bảo đảm không chồng chéo với chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan khác có thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành Cơ yếu; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật. Thanh tra Cơ yếu chịu sự chỉ đạo, điều hành của Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ và chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác thanh tra của Thanh tra Chính phủ.

Như vậy, Thanh tra Cơ yếu là cơ quan duy nhất của thực hiện nhiệm vụ thanh tra hành chính đối với các cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý của Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ và thanh tra chuyên ngành trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng về mật mã để bảo vệ thông tin bí mật nhà nước, chữ ký số chuyên dùng công vụ, mật mã dân sự. Thanh tra Cơ yếu chịu sự chỉ đạo và hướng dẫn về công tác của Thanh tra Chính phủ.

Nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Cơ yếu

Nghị định cũng quy định cụ thể về nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Cơ yếu, Chánh Thanh tra Cơ yếu, tổ chức, hoạt động của Thanh tra Cơ yếu, tiêu chuẩn, chế độ chính sách đối với thanh tra viên của Thanh tra Cơ yếu và thẩm quyền thanh tra lại Kết luận thanh tra của Thanh tra Cơ yếu. Theo đó, Trưởng ban sẽ ban hành Kế hoạch thanh tra của Ban Cơ yếu Chính phủ sau khi được Bộ trưởng Bộ Quốc phòng phê duyệt; Thanh tra Cơ yếu chịu trách nhiệm triển  khai thực hiện Kế hoạch thanh tra. Thẩm quyền thanh tra lại Kết luận thanh tra của Thanh tra Cơ yếu do Tổng Thanh tra Chính phủ thực hiện.

Cùng với ngày 30/6/2023 Quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thanh tra, Nghị định số 03/2024/NĐ-CP đã hoàn thiện các văn bản hướng dẫn thi hành Luật Thanh tra 2022, tạo cơ sở pháp lý vững chắc, đồng bộ đối với tổ chức và hoạt động của Thanh tra Cơ yếu. Nghị định số 03/2024/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ 01/3/2024.