Nội dung Nghị định gồm 5 chương, 31 điều, cụ thể như sau:
Chương I: Những quy định chung
Chương này có 6 điều (từ Điều 1 đến Điều 6), gồm: phạm vi điều chỉnh của nghị định này quy định về hoạt động nghiên cứu, sản xuất kinh doanh và sử dụng mật mã để bảo vệ thông tin không thuộc phạm vi bí mật nhà nước. Đối tượng áp dụng không phân biệt tổ chức, cá nhân Việt Nam hay nước ngoài. Quy định về quy chuẩn kỹ thuật và áp dụng quy chuẩn kỹ thuật đối với sản phẩm mật mã dân sự. Chương này cũng thể hiện chính sách thông thoáng và chủ trương nhất quán của nhà nước trong hoạt động nghiên cứu, sản xuất, kinh doanh và sử dụng sản phẩm mật mã dân sự, nhưng cũng thể hiện thái độ kiên quyết, nghiêm cấm các hoạt động xâm hại đến lợi ích quốc gia, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân.
Chương II: Nghiên cứu, sản xuất, kinh doanh và sử dụng sản phẩm mật mã dân sự
Chương này có 3 mục: bao gồm 13 điều (từ Điều 7 đến Điều 19). Các quy định trong chương này thể hiện nguyên tắc quản lý thống nhất về hoạt động nghiên cứu, sản xuất, kinh doanh và sử dụng sản phẩm mật mã dân sự: Nhà nước khuyến khích các tổ chức, cá nhân có nhu cầu, đủ điều kiện nghiên cứu và phát triển mật mã dân sự; hoạt động nghiên cứu mật mã dân sự thực hiện theo quy định của Luật Khoa học và Công nghệ. Tuy nhiên, các kết quả nghiên cứu mật mã dân sự khi đưa vào sản xuất, kinh doanh và sử dụng phải áp dụng các quy định quản lý Nhà nước về chất lượng sản phẩm, hàng hoá và dịch vụ và tuân theo Điều 6, Điều 8 của Nghị định này.
Trong chương này quy định rõ: Sản phẩm mật mã dân sự là loại hàng hoá đặc biệt thuộc danh mục hàng hoá, dịch vụ hạn chế kinh doanh, chỉ doanh nghiệp đăng ký và có đủ điều kiện được cấp phép mới được hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự. Ban Cơ yếu Chính Phủ là cơ quan nhà nước có thẩm quyền quản lý về hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, cấp “Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự”, "Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự" và "Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự" .
Nhà nước khuyến khích các tổ chức, cá nhân sử dụng sản phẩm mật mã dân sự để bảo vệ thông tin của mình.
Chương III: Quản lý Nhà nước về mật mã dân sự
Chương này có 3 điều (từ Điều 20 đến Điều 22), bao gồm nội dung quản lý nhà nước về mật mã dân sự, trách nhiệm của Ban Cơ yếu Chính phủ về hoạt động nghiên cứu, sản xuất, kinh doanh và sử dụng sản phẩm mật mã dân sự, trách nhiệm của các Bộ, Ngành, Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có liên quan.
Chương IV: Thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm và giải quyết khiếu nại tố cáo
Chương này có 7 điều (từ Điều 23 đến Điều 29), các quy định trong chương này thể hiện rõ vai trò quản lý nhà nước về thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm và giải quyết khiếu nại tố cáo. Việc xử lý các vi phạm cũng được cụ thể hóa bằng các quy định xử phạt hành chính, bồi thường thiệt hại hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự.
Chương V: Điều khoản thi hành
Chương này có 2 điều (Điều 30 đến Điều 31) quy định về hiệu lực; trách nhiệm hướng dẫn, kiểm tra thực hiện, thi hành Nghị định.

Để Nghị định sớm đi vào cuộc sống, tăng cường sự quản lý của nhà nước đối với các hoạt động nghiên cứu, sản xuất, kinh doanh, sử dụng sản phẩm mật mã dân sự, góp phần thúc đẩy sự phát triển kinh tế - xã hội, Ban Cơ yếu Chính phủ đang tập trung phối hợp với các cơ quan, Bộ, ngành xây dựng Thông tư hướng dẫn thực hiện Nghị định; nghiên cứu, xây dựng và đề xuất ban hành Tiêu chuẩn và Quy chuẩn kỹ thuật mật mã dân sự; đề xuất kế hoạch xây dựng chính sách mật mã quốc gia. Bên cạnh đó, Ban Cơ yếu Chính phủ cũng đang điều chỉnh về tổ chức, xây dựng các cơ quan quản lý mật mã dân sự, cơ quan đánh giá, kiểm định sản phẩm mật mã dân sự và các tổ chức liên quan