Nghị định này quy định tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn và quan hệ phối hợp của Ban chỉ đạo phòng, chống khủng bố các cấp. Nghị định này áp dụng đối với Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố các cấp, cơ quan, tổ chức, công dân Việt Nam, cơ quan, tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức quốc tế cư trú, hoạt động trên lãnh thổ Việt Nam. Trường hợp điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên có quy định khác thì áp dụng điều ước quốc tế đó.

Theo Nghị định, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia là cơ quan tham mưu, giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tổ chức, chỉ đạo công tác phòng, chống khủng bố trong phạm vi cả nước. Bộ Công an là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia và có cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách gọi là Văn phòng thường trực Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia.

Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ, ngành là cơ quan tham mưu, giúp Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ tổ chức, chỉ đạo công tác phòng, chống khủng bố của Bộ, ngành. Nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ, ngành bao gồm:

- Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Khoản 3 Điều 13 Luật phòng, chống khủng bố;

- Phối hợp với Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương tham mưu, giúp Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ tổ chức, chỉ đạo công tác phòng, chống khủng bố;

- Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác do Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ giao.

Khi xảy ra hoặc có nguy cơ xảy ra khủng bố tại địa phương, thì Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương báo cáo Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Quốc phòng. Trường hợp vụ khủng bố xảy ra, có nguy có xảy ra vượt quá khả năng xử lý của lực lượng chống khủng bố của địa phương thì trong báo cáo phải nêu rõ và đề nghị Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố quốc gia, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Công an, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố Bộ Quốc phòng tham mưu cho cơ quan, người có thẩm quyền chỉ đạo xử lý.

Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 25/3/2014.