Để tránh sự nhòm ngó của người khác và theo dõi từ ứng dụng bên thứ ba, Facebook Messenger hỗ trợ tính năng giúp người dùng bảo đảm riêng tư và bí mật khi trao đổi nhắn tin. Bài viết trên diễn đàn Sforum hướng dẫn người dùng sử dụng tính năng này để gửi tin nhắn bí mật, tự hủy trên Facebook Messenger.