Từ những ngày đầu thành lập, tổ chức cơ yếu đã trải qua nhiều thăng trầm, thay đổi để thích ứng với tình hình mới. Cơ cấu tổ chức hệ thống cơ yếu như một cỗ máy tinh vi, không ngừng được hoàn thiện để đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của công tác bảo vệ an ninh quốc gia. Trong lịch sử 79 năm, các dấu mốc quan trọng tiêu biểu của ngành Cơ yếu Việt Nam về ngày 09 tháng 9 đều liên quan đến việc ban hành các quyết định về cơ cấu tổ chức.